São José (SC) apresenta um cenário dual em relação à segurança, destacando-se positivamente em um aspecto e negativamente em outro. Segundo o 20º Anuário Brasileiro de Segurança Pública, o município se posiciona como a quinta cidade mais segura de Santa Catarina, ostentando uma das menores taxas de homicídios do estado, com 5,4 mortes para cada 100 mil habitantes. Este índice coloca São José em uma posição de destaque dentro de um estado que, por si só, é reconhecido como o mais seguro do país em termos de homicídios, com uma taxa estadual de 7,6 por 100 mil habitantes, significativamente inferior à média nacional de 19,1.

A classificação de segurança pública coloca São José ao lado de Joinville, ambas com o mesmo índice de 5,4 homicídios por 100 mil habitantes. As cidades catarinenses com os menores índices de homicídios foram Tubarão (1,7), Blumenau (2,6), Jaraguá do Sul (3,0) e Brusque (5,2). O levantamento do Fórum Brasileiro de Segurança Pública (FBSP) também ressalta que as maiores taxas de mortes violentas no país estão concentradas na região Nordeste, com cidades da Bahia, Ceará, Pernambuco e Paraíba liderando os índices mais preocupantes.

Em contrapartida, o desempenho de São José no trânsito contrasta drasticamente com seus resultados em segurança letal. Um levantamento do Observatório Fetrancesc, com base em dados da Confederação Nacional do Transporte (CNT), revela que Santa Catarina é o estado com a maior incidência de acidentes em rodovias federais pavimentadas no Brasil. Foram registradas 340 ocorrências a cada 100 quilômetros de rodovia, mais que o triplo da média nacional (108). Os números de feridos e mortos também são alarmantes, com 390 feridos e 18 óbitos a cada 100 km, respectivamente, bem acima das médias brasileiras.

O trecho da BR-101 que atravessa São José é apontado como o epicentro dos problemas, liderando o ranking nacional de acidentes. Especificamente, o segmento entre os quilômetros 200 e 210, dentro do município, registrou 575 acidentes e dez mortes em 2025. Outro trecho vizinho, entre os quilômetros 210 e 220, na divisa com Palhoça, também figura entre os mais perigosos. A BR-101 em Santa Catarina como um todo contabilizou 8.186 acidentes e 66 mortes, gerando prejuízos estimados em mais de R$ 3 bilhões. Estes dados reforçam a urgência de investimentos em infraestrutura, manutenção e fiscalização nas rodovias federais do estado, especialmente nos trechos de maior periculosidade.